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一般情况下，借条原件在法院庭审质证后，法院会留存。
在民事诉讼中，证据是至关重要的。借条作为证明借贷关系存在的关键证据之一，在起诉时通常需要向法院提交。当案件进入庭审阶段，双方当事人会对包括借条在内的证据进行质证。质证的目的是为了核实证据的真实性、合法性和关联性。
在质证过程结束后，法院会根据具体情况来决定借条原件的去向。通常情况下，法院会将借条原件留存归档，作为案件审理和裁判的依据之一。这是因为法院需要对证据进行妥善保管，以备后续可能的上诉、再审等程序使用。
但是，也存在一些特殊情况。例如，如果当事人对借条的真实性存在争议，需要进行司法鉴定，那么借条原件可能会被送往鉴定机构进行鉴定，鉴定结束后再归还法院。此外，如果案件涉及多个证据且相互关联，法院也可能会根据实际需要，在留存借条原件的同时，允许当事人复印借条原件带走。
对于当事人来说，在向法院提交借条原件时，应当确保借条的真实性和完整性。同时，为了避免日后可能出现的纠纷，当事人可以提前复印借条原件留存备用。如果对法院留存借条原件的做法存在疑问或担忧，可以向承办法官咨询，了解具体的处理方式和原因。
总之，在法院起诉时，借条原件一般会留在法院，但具体情况可能因案件的不同而有所差异。当事人应当积极配合法院的审理工作，依法维护自己的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十七条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十九条
人民法院收到当事人提交的证据材料，应当出具收据，写明证据名称、页数、份数、原件或者复印件以及收到时间等，并由经办人员签名或者盖章。
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